对这后两类病因引起的机体功能失调疾病，气功亦有一定的疗效。我们知道，所有外因都是通过内因来起作用的，治病因素作用于人体后能否引起疾病，取决于人体的防御机能、免疫能力，即“正气”的强弱。祖国医学认为，致病因素是在机体正气虚弱的情况下才会发生作用的，即所谓“邪之所凑，其气必虚”。而“七情”平稳则“正气内存，邪不可干”，“精神内守，病安从来”。气功锻炼能增强人的体质，提高机体免疫力，培育正气，使机体功能保持协调，创造一个好的内环境，因而也能够预防和治疗后两类致病因素所引起的疾病。

患有某些器质性疾病的患者，往往伴有紧张、忧愁等情志变化，通过气功锻炼也可改善患者的情志障碍，并进一步通过心理—生理—形态反应环节使病变的实质得到一定程度的修复。所以对器质性病变多可选用以其它疗法为主，辅以气功疗法的方式。

总之，气功疗法可对心理障碍、功能失调及某些器质性病变分别发挥不同的作用，但也并不象有的人宣传的那样，似乎气功可以包治百病并可迅速见效。其实气功是需长期修练的。一些江湖气功师，不分病情轻重，要求患者一律停止其它治疗，只用气功治疗，这是极不妥当的。对于一些重病、久病病人，由于初接触气功，对其功理、功法一时不能熟练地掌握，可把气功作为一种辅助治疗手段，等患者摸到门道，逐渐熟练掌握了练功方法并有了疗效后，才可酌情确定气功在以后治疗中的主、辅位置。