营养学博士吴映蓉在《营养学博士教你吃对植化素》一书中指出，苦瓜的苦味主要来自于苦味素和苦瓜特有的植化素“苦瓜苷”，苦瓜苷会促进肠道分泌肠道贺尔蒙GLP-1，刺激胰岛素分泌并降低食欲，能有效降低血糖，也就是苦瓜被称为“植物的胰岛素”的原因。而苦瓜中的粗纤维、果胶不仅可以解决便祕、刺激肠道蠕动，也能帮助控制血糖。
除了特有的苦瓜苷外，苦瓜本身的营养素含量也很丰富，几乎是最营养的瓜类蔬菜，尤其是苦瓜的维生素C含量，更是柠檬的2.7倍、番茄的7倍、苹果的15倍，在蔬菜类中仅次于西洋芹。长庚纪念医院营养治疗科团队在《营养师教你跟着四季吃健康》一书中指出，多吃苦瓜不但能美白、抚平细纹，还能增进人体的免疫力。
“爱吃苦”的饕客们往往见到苦瓜封、咸蛋苦瓜等苦瓜料理就食指大动，但已有许多研究指出，被加热过的苦瓜营养可能都流失了！生物科学专家于文靖在《这样吃苦瓜，糖尿病来也不怕》一书中指出，因为烹调苦瓜的温度越高，苦瓜苷的含量就越少，而加热超过60℃时，苦瓜内的维生素C的活性就会被破坏，所以要吃到苦瓜的完整营养，凉拌是比较好的烹调方式。
另外，如果不怕吃苦，不妨尝试看看苦瓜品种中最苦的“山苦瓜”，虽然苦却是维生素C含量最高的苦瓜，其维生素C含量是一般白苦瓜的1.7倍！
要特别注意的是，苦瓜的种子和外皮含有凝集素，这种毒素会阻碍部分肠道内的蛋白质合成，所以食用苦瓜的时候得避开种子与外皮。

苦瓜挑选秘诀:

1、表面果瘤饱满厚实的苦瓜品质较佳。

 2、挑选瓜皮洁白有光泽、体型大的苦瓜；若外皮有损伤，瓜肉容易腐烂，应避免购买。
        3、带有翠绿果梗的苦瓜通常采摘不久，比较新鲜。
        4、重量越重含水量越多，是品质较好的苦瓜。